中国水利水电科学研究院拥有各类专业和综合试验室32座，面积3万平方米。现拥有重要仪器设备120台套，为开展重大科技难题提供了先进的研究手段。水环境研究所同时也是水利部水环境监测与评价研究中心的挂靠单位，是水利系统最重要的水环境研究机构之一。拥有大量国内先进水平的水环境分析测试仪器、实验系统和水生态模拟实验系统。拥有一批小型野外便携式仪器和采样装置，可以满足野外的调查和实验基本需要。可用于项目研究的主要仪器设备有：电感耦合等离子体质谱仪（PE，DRC-e）、原子吸收仪（Thermo，M6）、离子色谱仪（ICS 3000）、流动注射分析仪（FIA-6000）、气质联用仪（Agilent，5975）、液质联用仪（Agilent，1100）、有机碳分析仪（Apollo9000）、粒度分析仪（Coulter Counter）、扫描电子显微镜（JSM-6390）、紫外可见光分光光度计、冷冻离心机、冷冻干燥仪、生化超净工作台、高精度电子天平等仪器设备。